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米曲霉是产复合酶的菌种，除蛋白酶外，还能产淀粉酶、糖化酶、纤维素酶、植酸酶、果胶酶等。米曲霉不产生黄曲霉毒素，是我国传统酿造食品酱和酱油的主要生产菌种。米曲霉在酿酒生产中被作为糖化菌。此外，它还是曲酸的生产菌。米曲霉基因组所包含的信息可以用来寻找适合米曲霉发酵的条件，这将有助于提高食品酿造业的生产效率和产品质量。米曲霉基因组的破译，也为研究由曲霉属真菌引起的曲霉病提供了线索。米曲霉也会引起工农业产品霉变。
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